Swoją działalność na rzecz sanacji polskości na ziemiach dawnych Kresów Wschodnich Fundacja rozpoczęła w 2012 roku jako niezależna grupa polskiej młodzieży z Lidy na Białorusi. Przez lata, ze względów politycznych, była to działalność nieformalna związana z blogiem „Polacy Grodzieńszczyzny”.
Fundacja Młode Kresy została zarejstrowana w Polsce w 2015 roku przez aktywistów wywodzących się ze środowiska „Polacy Grodzieńszczyzny”, którzy przyjechali do Polski zdobywać wykształcenie na polskich uczelniach. Do Polaków z Białorusi w budowaniu nowej organizacji dołączyli ich rodacy z Litwy i Ukrainy. 
Organizacja skupia się przede wszystkim na zachowaniu tożsamości, języka oraz kultury polskiej wśród młodych Polaków na Białorusi, Ukrainie oraz Litwie. Dużą uwagę zwraca także na integrację Polaków ze Wschodu na terytorium Polski. Jednym ze statutowych zadań Fundacji jest likwidacja barier utrudniających ekspansję i odkrywanie „kresowego” potencjału młodych Polaków zza wschodniej granicy. Organizacja stara się aktywizować i integrować społeczności Kresowiaków w Polsce. "Jako ambasadorowie swoich rodzimych państw nie pozostajemy obojętni wobec nurtujących społeczeństwo polskie problemów: tolerancja i akceptacja dla emigrantów ze Wschodu, ekologia i klimat, edukacja polskiej młodzieży w duchu patriotyzmu. Nie zapominamy także o starszym pokoleniu naszych rodaków mieszkających za wschodnią granicą Polski. W miarę naszych możliwości zawsze aktywnie wspieraliśmy kombatantów AK mieszkających na Grodzieńszczyźnie (Białoruś) oraz organizowaliśmy akcje pomocy humanitarnej dla Polaków mieszkająch w Donbasie (Ukraina). Dbamy o polskie miejsca pamięci historycznej na Kresach."