Nawiązując do celów założycieli Fundacji, którzy w 1989 roku chcieli stworzyć w Krzyżowej centrum europejskiego dialogu i spotkań, oraz do duchowej tradycji Kręgu z Krzyżowej, niemieckiej antyhitlerowskiej grupy konspiracyjnej, a także do opozycji demokratycznej w Europie Środkowej i Wschodniej, w uznaniu historycznego znaczenia polsko-niemieckiej Mszy Pojednania z 12 listopada 1989 roku, nawiązując do not dyplomatycznych rządów Rzeczypospolitej Polskiej i Republiki Federalnej Niemiec z 27 lipca / 20 sierpnia 1990 roku o utworzeniu Międzynarodowego Domu Spotkań Młodzieży w Krzyżowej, który służy spotkaniom młodzieży polskiej i niemieckiej i ma charakter europejski oraz międzypokoleniowy, Fundacja „Krzyżowa” działa na rzecz pogłębiania dialogu polsko-niemieckiego oraz porozumienia europejskiego.

Fundacja „Krzyżowa” powstała w procesie polsko-niemieckiego pojednania, aby wspierać europejskie porozumienie. W czasie II wojny światowej w Krzyżowej, dolnośląskiej posiadłości rodziny von Moltke, spotykała się antyhitlerowska grupa opozycyjna, nazwana później Kręgiem z Krzyżowej. Ryzykując swoje życie, członkowie Kręgu pracowali nad planami odnowienia demokratycznych i opartych na chrześcijańskich wartościach moralnych Niemiec i Europy. Do doświadczeń tych nawiązywała później część opozycji demokratycznej w Polsce i w NRD, a jej opór przeciwko komunistycznej dyktaturze wyrażał się, między innymi, w wolnym dialogu polsko-niemieckim. Prekursorzy Krzyżowej – grupa Polaków, Niemców z NRD i RFN, Amerykanów i Holendrów – odwoływali się do tego dziedzictwa i chcieli w Krzyżowej stworzyć miejsce spotkań. Również dlatego 12 listopada 1989 roku, kilka dni po upadku muru berlińskiego, mogła się tu odbyć polsko-niemiecka Msza Pojednania z udziałem premiera Tadeusza Mazowieckiego i kanclerza Helmuta Kohla. Dziedzictwo pojednania i sprzeciwu wobec totalitaryzmów stało się w Krzyżowej w podwójnym znaczeniu symbolem europejskiego porozumienia.